En su origen se destinó al Archivo un departamento secundario en uno de los patios internos del Palacio de Gobierno donde, en una inadecuada estantería se colocaban los paquetes siguiendo a la ligera un orden cronológico, que se perdía al remover los mencionados paquetes cuando se realizaban las búsquedas de información.
En 1832, el Cuarto Congreso Constitucional del Estado, expidió un decreto ordenando la formación de inventario en los archivos, y en 1868 la Legislatura del Estado, por decreto del 21 de enero, autorizó el gasto necesario para la compilación de leyes y decretos, y para el arreglo de los archivos públicos, disposición que al año siguiente fue derogada, cesando a los archivistas que habían sido nombrados para tal efecto.
Sin tener registro e inventarios de la información existente, se confió la administración del Archivo General a Don Miguel Rojas, siendo durante la administración pre-constitucional de Don Juan Jiménez Méndez, cuando se trasladó el Archivo que se encontraba en el Palacio de Gobierno, a otro local aparte; durante este traslado, los encargados de esta tarea, volcaron sobre el pavimento los legajos y expedientes, que al caer se desglosaron formando una mezcla incomprensible de asuntos y fechas. Hubo la disposición de destruir todo aquello que aparentemente no tuviese utilidad práctica y en los establecimientos de abarrotes más cercanos al Palacio se podía apreciar que fragmentos de expedientes servían de envoltura a los artículos expedidos.
En 1923 teniendo en cuenta el mal estado en que se encontraba el Archivo General del Gobierno, se procura reorganizarlo, formando expedientes de diferentes ramos de un sin número de documentos sueltos y de muchos legajos correspondientes a los años de 1911 a 1913. Durante 1928 el archivo se ocupa del arreglo y colocación de los expedientes concluidos y de los que se iban terminando en las dependencias de gobierno además de inventariar y darles la colocación correspondiente a los antiguos documentos.
Fue hasta el Gobierno de Don Francisco López Cortés, que se dictó el Acuerdo del 1º de septiembre de 1929, por el cual se comisionaba al C. Arcadio Ortega Domínguez, Director de la Biblioteca Pública del Estado, a efecto de que dirigiera los trabajos de protección, organización y clasificación del Archivo General, asignándole la casa que se sabe sirvió durante el Siglo XVIII al delegado del Comisario General de la Bula de la Santa Cruzada y que actualmente alberga al Museo Tamayo.
En ese lugar estuvo el Archivo General por cerca de 42 años hasta que, en octubre de 1970, siendo Secretario General del Despacho el Lic. Femando Gómez Sandoval, se da otro importante momento en la historia del Archivo General del Estado de Oaxaca, ya que se dispuso el traslado del archivo a la sección sur del Ex-convento de los Siete Príncipes ubicado en Santos Degollado número 400 (Curato de Siete Príncipes atrás de la Casa de la Cultura), con lo que empezaría la institucionalización de este ente administrativo, llevándose a cabo los arreglos necesarios para trasladar el acervo documental en marzo del siguiente año, coordinando estas actividades Fausto Mejía Muñozcano, responsable del Archivo.
El Archivo General del Estado permaneció adscrito hasta el 22 de septiembre de 1978 a la Secretaría General del Despacho (hoy Secretaría General de Gobierno), de acuerdo a lo dispuesto en el Decreto No. 57 correspondiente a la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado publicada en el Periódico Oficial No. 52. Posteriormente dependería de la Oficialía Mayor (hoy Secretaría de Administración), por Decreto No. 75 del día 23 de septiembre de 1978.
En 1992 cambia su nombre al de Archivo General del Poder Ejecutivo de Oaxaca, de acuerdo a la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado de ese año.
En 1994 fue necesario mover todo el acervo documental, lo que permitió, por primera vez, delimitar funciones y agrupar los documentos.
De 1980 al 2004 se empiezan a nombrar Jefes del Archivo General; destacan Manuel Esparza, María Victoria Ramírez López, Eva León Vicente, Leonel Bautista Martínez, Mauricio Nieto Garcini y Relder Leguz Gutiérrez Ruiz. Es en esta época donde se trabajan y publican los primeros catálogos documentales y se conforman los fondos documentales de: Alcaldías Mayores, Real Intendencia, Obispado de Oaxaca, Tesorería principal, Tesorería General, Censos y padrones, Secretaria General de Gobierno, Asuntos Agrarios, Educación Pública, Catastro, Fomento y Periodo Revolucionario.
En 2011, el Gobierno del Estado de Oaxaca, con apoyo de la Fundación Alfredo Harp Helú (FAHHO), a través de la asociación civil Apoyo al Desarrollo de Archivos y Bibliotecas de México (ADABI), inició la organización y estabilización del Archivo Histórico del Archivo General del Poder Ejecutivo del Estado de Oaxaca, con el cual se obtuvieron las Guías inventarios de los fondos Gobierno, Hacienda, Justicia, Milicia y Registro Civil, organizándose 217 mil 493 expedientes y 13 mil 138 libros, contenidos en 25 mil 472 cajas AG12.
Además, en el año 2014 inició la construcción de un edificio en el Parque las Canteras, diseñado exprofeso para resguardar en repositorios especiales los documentos históricos, con espacios acondicionados para realizar las actividades Conservación, Restauración y Reprografía, así como una Sala de Consulta abierta a investigadores. Como parte de este proyecto integral se ofrecen servicios para el público en general, como son la biblioteca infantil, una juvenil y para adultos, una bebeteca, y ludoteca; además de un auditorio donde se llevan a cabo diversos eventos culturales para los oaxaqueños y oaxaqueñas
Por último, el 24 de febrero de 2017 se publicó el Decreto por el que se crea el Archivo General del Estado de Oaxaca, como un órgano desconcentrado de la Secretaría de Administración, con autonomía técnica, operativa y de gestión para el debido cumplimiento de su objeto. En ese mismo mes y año el Licenciado Jesús Emilio de Leo Blanco asume la Dirección General del Archivo General del Estado de Oaxaca.
